エヴァンゲリオンのパイロット適任者を選び出すための組織。
しかし実際は存在しなかった。実際はネルフ、あるいは碇ゲンドウが、マルドゥック機関名義で指示を出していた。
本当に存在している組織のように見せかけるため、108ものダミー会社を設立していたが、社員がおらず、もぬけの殻のため加持に見ぬかれてしまった。
マルドゥックの名前の由来は、おそらく古代バビロニアの最高神マルドゥック（Marduk、マルドゥク、マルドゥークとも）からではないか。ちなみに、Mardukというブラックメタルバンドもいる。
国連軍の持つ最強兵器。地形が変わるほどの威力。クレーターの大きさは半径数十キロか。
キノコ雲も確認できるため、核兵器あるいはそれと同等の威力ようでもある。
これだけの威力がありながらも、使徒に対しては足止め程度にしかならない。それだけ使徒が強いとも言える。
また、新型N2（エヌツー）爆雷というものも登場している。爆雷というだけあって、水中で使用となる。
N2が何の略であるかは不明。
第3新東京市にせまる使徒。その動きは、マギの予想より3時間も早かった。
発進時刻になっても現れないシンジとアスカ。
ミサトが部屋に駆けつけると、二人はまだ寝ていた。
無理やり引っ張り出して、エヴァに載せるも、不安でたまらないミサト。
それとは対照的に、エヴァに搭乗した二人は、自信たっぷりであった。
発進と同時に、使徒の上にジャンプする二人。
そして音楽が鳴り出す。
それぞれのエヴァが、2体の使徒に同時に膝蹴りを食らわす。
着地するとすぐにライフルを手に取る初号機と弐号機。
使徒に対して同時にライフルで攻撃すると、すばやく後ろにバク転して距離をとる。
盾を前に構え、使徒の攻撃を防ぐ。
使徒の攻撃が途絶えた瞬間を狙い、使徒にライフルを打ち込む二人。
それにかまわず突き進んでくる2体の使徒に対し、ミサトが援護射撃を要請。
市内の攻撃設備から、使徒に向けて一斉に弾丸が降り注ぐ。
2体の使徒が動きを止めた。
その瞬間、シンジとアスカは、大ジャンプキックを使徒のコアにくらわすことに成功。
大爆発を起こす使徒。
シンジとアスカは、お互いを罵りながらも称えるが、そのままコクピットの中で寝てしまった。
第4巻完
決戦前日、ダンスのレッスンを続けるも、なかなか息の合わない二人。
ミサトは試しに綾波とシンジでダンスをさせる。
すると、ピッタリと息のあう二人。
零号機が修理中でなければ、迷わずレイとシンジを組ませると言って、アスカを焚きつけるミサト。
するとアスカは逃げてしまった。
外の噴水の前でたたずむアスカを見つけたシンジ。
なにを話したらいいかわからないながらも、素直な気持ちを伝える。
それを見守る加持。
その夜、アスカとシンジは猛特訓に励むのだった。
一緒に暮らすことを嫌がるシンジとアスカ。
しかし、お互いをよく知り、体内時計も合わせる必要があるというミサト。
深く考えることないわよ、とミサトは明るく言い放つ。
翌日から、二人でダンスの練習をさせられるシンジとアスカ。
一見バカバカしいこの訓練も、曲に合わせた攻撃パターンを覚えるために必要なのだという。
練習の合間、通路でゲンドウとすれ違うシンジ。勇気を出して、父親を食事に誘うが、冷たく断られてしまう。
シンジとゲンドウの関係を気にするアスカだが、試験管で生まれたアスカには父親が居ないということを自ら語る。
父親が居なくても寂しいと思うことはなく、使徒を倒してみんなに認めてもらえたら幸せなのだという。
しかしその表情にはどこか影があった。
その夜、アスカの悲しそうな寝言を聞いたシンジは、アスカに同情するのだった。
2体に分裂した使徒は、どんなにダメージを与えてもすぐに修復してしまう。
たとえコア部分を攻撃したとしても、全く効き目がない。
初号機と弐号機は、使徒に投げ飛ばされ、空中で激突したあと、活動を停止してしまった。
2体に分裂した第7使徒へ対しては、国連軍が攻撃を引き継いだ。
国連軍は新型爆雷により使徒にダメージを与える。
地形が大きく変わるほどの爆発ののち、使徒は動きを止める。
しかし、それはただの足止めにしかならなかった。
次の進攻は近い。
それまで、作戦の立て直しとなる。
ゲンドウはシンジとアスカを叱責する。
アスカは、攻撃の失敗の責任をシンジになすりつける。
しかし、根本的な対策は誰にも分からなかった。
コンピュータシミュレーションの結果、2体に分かれた使徒は、同時に2つの核（コア）に対して攻撃しなければならないことがわかる。
そこで、シンジとアスカが完全にシンクロした攻撃を行う必要があるとわかる。
そのための訓練をはじめる事になる二人。
その訓練とは、同じ部屋で5日間一緒に暮らすというものだった・・・。
巡洋艦が、沖合で使徒を発見。
シンジの初号機とアスカの弐号機が協力して攻撃することになる。
海から上陸してくる使徒を待ち構える二人。
そこに一体の使徒が姿を表した。
アスカは使徒に向かって即座に駆け出し、なぎなたで使徒を一刀両断にする。
その素早い動きに驚くシンジ。
しかし、使徒は2体に分裂するのみであり、力を失うこと無く生きていたのだった・・・。
少女が弐号機パイロット＝セカンド・チルドレンである、惣流・アスカ・ラングレーであることを知るシンジ。
年上には礼儀正しく、本当の顔はワガママ放題という二面性のあるアスカに、シンジはあきれてしまう。
場所は変わり、ゲンドウ専用の執務室。天井と床には謎の神秘的な模様（セフィロトの樹）が描かれている。
無精ひげを生やした男が、気密性のケースから何かを取り出す。
虫のようでも有り、胎児のようでもある生き物。
男とゲンドウはニヤリと笑いながら、つぶやいた。
「人類補完計画のかなめ」「最初の人間、アダム」
食堂で和やかに食事をとるミサトたちに、先ほどの無精ひげの男が慣れ慣れしく話しかけてきた。
男の名前は加持といい、アスカと一緒に来たという。
以前ミサトと交際していたことを隠しもせず、ミサトとアスカはあっけにとられる。
シンジの学校の同じクラスに、アスカが転入する。
帰り道、学校で教えているセカンド・インパクトの話はウソであると、アスカが語る。
サードチルドレンのくせにあんたは何も知らない馬鹿だ、とののしった上で、彼女は語りはじめた。
15年前、人類は「使徒」と呼称される人型の物体を南極で発見。
その調査中、謎の大爆発が起きたのだという。
それがセカンド・インパクトの正体。
今後予想されうるサード・インパクトを未然に防ぐのがエヴァ・パイロットたちの使命なのだという。
話の途中で、たまたま綾波に邪魔されてしまうアスカ。
綾波を平手打ちしようとするも、シンジに止められる。
アスカは、自分が周囲に馴染めないことの不満を並べ立て、走り去ってしまう。
ネルフ本部で、戦闘シーンの映像を見るミサトとリツコ、そしてシンジ、レイ。
その映像には、新横須賀沖での国連艦隊と使徒の戦闘が映し出されていた。
巨大なサメとエイを合わせたようなボディに、無数の牙を持つ使徒。
それに対して艦隊は魚雷を発射するも、まったく歯が立たなかった。
そこへ、後方の輸送船からあらわれたエヴァンゲリオン弐号機。
海中から跳びかかってくる使徒を、弐号機は一気に剣で切り裂いた。
映像が終わり、この弐号機のパイロット、つまりセカンド・チルドレンについて尋ねるシンジ。
リツコが言うには、パイロットの「惣流（そうりゅう）」は、14歳で大卒だという。
放課後、シンジはトウジたちと徒歩で帰る。
道すがらのゲームセンターで、一人の少女を見かける。
その少女は、不良少年たちをなぎ倒し、暴言を吐いていたのだった。
シンジが本部につくと、そこには先程の少女がいた。
盾が溶けてしまったために、零号機の全身でシンジの初号機を守るレイ。
その時、ポジトロン・ライフルの再充填と標準のセットが完了し、警告音が鳴り響く。
引き金を引くシンジ。
ビームは使徒をまっすぐに貫いた。
使徒は炎を上げながら活動を停止する。
使徒のドリルは、ネルフ本部に到達する直前で止まった。
急いで綾波の救出に向かうシンジ。
彼女が入っているエントリープラグを手でこじあげようとする。
自分の手が焼けるのも気にせずに、加熱された取っ手をつかむと、渾身の力で回転させた。
綾波は無事だった。しかし助けに来たのがゲンドウではなくシンジであることに、一瞬戸惑う。
うれし涙を流すシンジ。それを理解できない綾波。
うれしい時にも涙がでるということを、このとき彼女は初めて知ったのだった。
綾波本人もうれしいのだが、どんな顔をすればよいのかわからないという。
うれしい時は笑うんだとシンジがいうと、綾波は微笑んでみせた。
綾波の笑顔に照れるシンジだったが、彼の心は、いまだ暗闇にいた。
しかし、暗闇で輝く満月を見て、かすかな希望を感じはじめるのだった。
第3巻 完
