少女が弐号機パイロット=セカンド・チルドレンである、惣流・アスカ・ラングレーであることを知るシンジ。


年上には礼儀正しく、本当の顔はワガママ放題という二面性のあるアスカに、シンジはあきれてしまう。
場所は変わり、ゲンドウ専用の執務室。天井と床には謎の神秘的な模様(セフィロトの樹)が描かれている。


無精ひげを生やした男が、気密性のケースから何かを取り出す。
虫のようでも有り、胎児のようでもある生き物。
男とゲンドウはニヤリと笑いながら、つぶやいた。
「人類補完計画のかなめ」「最初の人間、アダム」
食堂で和やかに食事をとるミサトたちに、先ほどの無精ひげの男が慣れ慣れしく話しかけてきた。
男の名前は加持といい、アスカと一緒に来たという。
以前ミサトと交際していたことを隠しもせず、ミサトとアスカはあっけにとられる。
シンジの学校の同じクラスに、アスカが転入する。
帰り道、学校で教えているセカンド・インパクトの話はウソであると、アスカが語る。
サードチルドレンのくせにあんたは何も知らない馬鹿だ、とののしった上で、彼女は語りはじめた。
15年前、人類は「使徒」と呼称される人型の物体を南極で発見。
その調査中、謎の大爆発が起きたのだという。
それがセカンド・インパクトの正体。
今後予想されうるサード・インパクトを未然に防ぐのがエヴァ・パイロットたちの使命なのだという。
話の途中で、たまたま綾波に邪魔されてしまうアスカ。
綾波を平手打ちしようとするも、シンジに止められる。
アスカは、自分が周囲に馴染めないことの不満を並べ立て、走り去ってしまう。