第3巻冒頭
ミサトと帰ろうとするシンジに、トウジとケンスケが話しかける。
話し方は素直ではないものの、シンジが帰ってきたことを喜ぶ二人。それを微笑ましく見つめるミサト。
あくる日、シンジが倒した使徒の死体を調べる、ネルフの調査班。
リツコには解析不能だという。
一方で、使徒の遺伝子が人間と酷似していること、つまりエヴァとほぼ同じであることを告げる。
同じ現場でゲンドウを見かけるシンジ。
ゲンドウの手に大やけどのあとがあることに気づく。
やけどの原因は、綾波レイを事故から助ける際についたものだと、リツコから聞かされる。
シンジは、何か意外なものを感じる。
綾波レイという存在に不審な物を感じるシンジ。
綾波のファイルの内容をミサトから聞き出すも、過去はすべて抹消されていた。
学校での水泳の授業中、綾波を見つめ続けるシンジ。
シンジは、彼女がロボットかなにかではないかと思い始める。
ネルフ本部、第6ゲージ。
ゲンドウは綾波レイに語りかけていた。
内容は手短だが、表情はやわらかいゲンドウ。
それを見かけたシンジは、自分よりも綾波を気づかうゲンドウに疑問を抱き始める。
翌日、ネルフの新しいセキュリティカードを綾波に届けることになるシンジ。
綾波は、さびれた集合住宅の一室に、一人で住んでいた。
インターホンは壊れ、鍵はかかっていない。
無断で中に入ると、そこにはベッドと冷蔵庫と事務椅子、そしてタンスだけ。
まったく生活感のない部屋だった。
浴室から裸で現れたレイに、シンジはたじろぐ。
綾波は表情を一切変えず、「カードそこに置いといて」としか言わない。
シンジはカードを置き、逃げるように帰るのだった。
本部に向かう電車内。
綾波と乗り合わせたシンジは、彼女に嫌われていると思いながらも、話しかける。
自分の父親が信じられないというシンジに対して綾波は、この世で信じているのは碇司令だけだという。
綾波をのせた零号機の起動実験を見守るネルフスタッフたちとシンジ。
そこへ使徒があらわれたとの報告が。
ゲンドウはまたも無表情に、「さっさと行け」とシンジに言うのみだった。
シンジは、心なく返事をする。
芦ノ湖上空にあらわれた使徒は、正八面体の物体だった。
シンジが地下から発進し、地上に現れると同時に、加粒子砲を発射する使徒。
シンジは直撃をくらってしまう。
キーワード
加粒子砲：詳細は説明されていないが、名前から察するに、細かい粒子を加速回転させて発射しているようだ。
意識のないシンジ。エヴァの内部から、スタッフたちによって救助される。
その間に、使徒は八面体の底から、巨大なドリルで地面に穴を開け始めた。
地下ジオフロント内のネルフ本部まで、まっすぐにドリルで掘り進むつもりのようだ。
データによって、今回の使徒が、一定の距離内に存在する敵を自動的に排除するタイプということがわかる。
もし近寄れば、加粒子砲で100％破壊されてしまう。
一方、使徒のA.T.フィールドは非常に強力であり、遠方からは攻撃できない。
このままでは、あと10時間でネルフ本部も破壊されてしまう。
初号機の修理に3時間、零号機は再起動可能だが、綾波をのせての実戦は不可能。
シンジは身体に異常はなかったものの、薬で眠らされていた。
夢のなかで、シンジは今までの苦い人生を思い出していた。
養父母が、シンジの部屋を庭に作り、孤独が増したこと。
道端に捨てられていた自転車を拾った所、警察につかまったこと。
捨てられていた物だと言っても、誰も信じてくれなかったこと。
そのとき、ゲンドウも連絡一つよこさなかったこと。
シンジが目を覚ますと、ベッドの横に綾波が居た。
60分後には出発だと冷たく言い放つ綾波。
本部では、スタッフ総出で陽電子砲の準備に取り掛かっていた。
日本国内のすべての電力を集め、使徒に向けて発射するというのだ。ミサト立案のこの作戦に、ゲンドウも支持を表明した。
敵の到達まであと6時間45分。
キーワード
ジオフロント：地下空間、地下都市。
陽電子砲：ポジトロン・ライフル。陽電子を発射して、目標の電子にぶつけて破壊する。作中のここでは特に説明がない。
病室のシンジに、綾波が作戦内容を伝える。
市内では、上空のヘリが全国規模の停電が起こることを広報している。
ミサトが詳しい作戦内容をシンジと綾波に伝える。
ポジトロンライフルの砲手はシンジ。盾をかまえて防御を担当するのは綾波。
全国の明かりが全て消え、闇の中で開始を待つシンジと綾波。
シンジに話しかけられた綾波は、エヴァに乗る理由を「絆（きずな）だから」と答えるが、誰との絆かは答えない。
そして、エヴァのパイロットをやめたら死んでいるのと同じだと言う。
シンジも、今までの自分は生きているふりをしていただけかもしれないと言う。
同時に、綾波という謎めいた存在について再び考えを巡らす。
発進の時間。綾波はシンジに「さようなら」と告げて零号機に乗り込む。
全国の電力と人類の未来はシンジに託された。
「ヤシマ作戦スタート！！」ミサトが叫んだ。
発射までのカウントダウンが始まる。
6秒前。
使徒に高エネルギー反応が。
こちらの意図が使徒に気づかれたのだ。
しかし、奴より先に撃てば勝てると判断したミサトは、攻撃を命令。
シンジが引き金を引く。
同時に使徒も高エネルギー・ビームを発射。
エヴァのビームとすれ違う直前、双方のビームの力が干渉し合い、流れが変わってしまう。
エヴァの攻撃は失敗。
場所を移動して時間を稼ごうとするも、エヴァのライフルの再充填時間よりもはるかに早い時間で、使徒は次のビームを発射。
使徒の放ったビームはまっすぐにシンジの初号機の方へ。
初号機が餌食になる寸前、巨大な盾を持った綾波の零号機がシンジを守る。
しかし、みるみるうちに盾は溶け始めた。
盾が溶けてしまったために、零号機の全身でシンジの初号機を守るレイ。
その時、ポジトロン・ライフルの再充填と標準のセットが完了し、警告音が鳴り響く。
引き金を引くシンジ。
ビームは使徒をまっすぐに貫いた。
使徒は炎を上げながら活動を停止する。
使徒のドリルは、ネルフ本部に到達する直前で止まった。
急いで綾波の救出に向かうシンジ。
彼女が入っているエントリープラグを手でこじあげようとする。
自分の手が焼けるのも気にせずに、加熱された取っ手をつかむと、渾身の力で回転させた。
綾波は無事だった。しかし助けに来たのがゲンドウではなくシンジであることに、一瞬戸惑う。
うれし涙を流すシンジ。それを理解できない綾波。
うれしい時にも涙がでるということを、このとき彼女は初めて知ったのだった。
綾波本人もうれしいのだが、どんな顔をすればよいのかわからないという。
うれしい時は笑うんだとシンジがいうと、綾波は微笑んでみせた。
綾波の笑顔に照れるシンジだったが、彼の心は、いまだ暗闇にいた。
しかし、暗闇で輝く満月を見て、かすかな希望を感じはじめるのだった。
第3巻 完
