プロローグ

西暦2000年、南極に巨大な隕石が衝突。
人類の歴史上最大の大災厄、「セカンド・インパクト」である。
これによる気候変動、世界経済の崩壊により、世界の人口はたった半年で半減した。

15年後、ようやく世界が平和をとりもどしたころ、「使徒」とよばれる、正体不明の巨大な戦闘兵器が地球に現れる。

しかし、「使徒」があらわれることは以前から予測されており、人類は汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」を開発していた。
そのパイロットには、3人の少年と少女が選ばれたのだった。