第六話 決戦、第3新東京市

シンジは無事ではあったが、心身に大きなダメージを受けていた。
葛城ミサトは、日本中の電力を集中させ使徒を攻撃するという「ヤシマ作戦」を計画する。

その準備中、シンジとレイが言葉をかわす。
「どうして綾波はエヴァに乗るの?」「私には他に何も無いもの・・・・」
レイは「シンジは自分が守る」「さよなら」とだけ言い残して語り任務に就く。

陽電子砲で使徒ラミエルを倒したものの、レイは自分を盾にしてシンジを守ったのだった。
融解した零号機のハッチをこじあけ、レイの無事を確かめるシンジ。
「何、泣いてるの?ごめんなさい…こういう時、どんな顔すればいいのか、わからないの」
「笑えばいいと思うよ」
レイの表情は微笑みに変わった。