第伍話 レイ、心の向こうに

父ゲンドウが自分よりも綾波レイを気にかけていることを不審に思うシンジ。
シンジがネルフに呼ばれる前、レイのエヴァ零号機が暴走する事故が起きたという。
その時、ゲンドウは加熱したハッチを素手で開け、操縦者のレイを助け出し、手にやけどを負ったという。

後日、レイの部屋を訪れたシンジは、壊れたゲンドウの眼鏡を発見する。
その時、シャワーを浴びていた裸のレイが不意に現れ、シンジから眼鏡を取り上げる。
慌てたシンジはバランスを崩し、折り重なるように倒れ、レイの胸に触れてしまう。
だが彼女は表情を変えない。
気まずさに話題を変えたシンジが、父ゲンドウを信頼できないというと、レイはシンジを平手打ちする。

新たな使徒が襲来し、シンジは初号機で発進するが、使徒の光線にやられてしまう。