第参話 鳴らない、電話

新しい中学校に転入したシンジは、EVAのパイロットであるという事がバレてしまう。
それによって、クラスメイト鈴原トウジに殴られる。
トウジの妹は、エヴァと使徒との戦いに巻き込まれて、重傷を負っていたのだった。

そんな時、新たな使徒が来襲。
見物しようと地上に出たトウジと友人の相田ケンスケ。それが危険を招いてしまう。

シンジはエヴァで二人を守り、必死になって使徒を倒した。
トウジとケンスケは、シンジの絶望的な姿を目の当たりにし、言葉を失ってしまう。