第弐話 見知らぬ、天井

機能を停止していたエヴァは突然暴走。一気に使徒に襲いかかる。
追い詰められた使徒はエヴァもろとも自爆しようとする。
しかしシンジは、その攻撃にも耐え、生還するのだった。

シンジは葛城ミサトとの共同生活を始めることに。ミサトは、ネルフの作戦部長を務める女性だった。
ミサトは明るく接するが、シンジは知らない場所での生活にただ戸惑うのだった。