第壱話 使徒、襲来

西暦2015年。
2000年に南極で発生した「セカンドインパクト」と呼ばれる世界規模の大災害から15年後の世界。
世界は復興しはじめているように見えた。

ある日、日本の箱根に建設された新都市に、一つの巨大な物体が迫っていた。
国連軍の攻撃は、「使徒」と呼ばれるその物体に歯が立たなかった。

その時、この都市に一人の少年が呼び寄せられていた。少年の名は「碇シンジ」。
彼の父親「碇ゲンドウ」は、国連直属の特務機関ネルフの司令官だった。
特務機関ネルフは、この都市「第3新東京市」の地下につくられた巨大な地下基地にあった。
そしてこの都市全体が、実は対使徒迎撃要塞都市であったのだ。

葛城ミサトにより、特務機関ネルフの本部に着いたシンジ。
幼い頃に別れて以来、十数年ぶりで再会した息子に向かい、父親は平然と命令する。
巨大人造人間「工ヴァンゲリオン」に乗り、使徒と戦えというのだ。

再会の喜びもなく命令する、父の冷たい態度に戸惑うシンジ。
シンジは命令を拒絶する。
それを見た父ゲンドウは、もう一人のパイロットの少女、綾波レイを呼びつけ、シンジの代わりに操縦させるという。
しかし彼女は重傷を負っていた。苦しむ彼女の姿が見ていられないシンジは、ついにエヴァに乗ることを決意。

しかしシンジの操縦するエヴァンゲリオンは、使徒の一方的な攻撃にさらされてしまう。
ついにエヴァは機能停止に追い込まれてしまった。絶叫するシンジ。